Свято-Никольский казачий собор построен в 1833 – 1840 годах по эскизам известного зодчего Василия Петровича Стасова. Он является автором проектов множества великолепных зданий в Москве, Санкт-Петербурге и других городах России. Никольская войсковая казачья церковь – это самый старый из сохранившихся в Омске храмов, построенных в стиле классицизма. Деньги на храм собирали всем миром. До революции в Никольском храме (с 1916 г. – собор) хранилась казачья реликвия – легендарное знамя дружины Ермака.
Никольская войсковая казачья церковь — это самый старый из сохранившихся в Омске храмов.
На одной его стороне был изображен Святой Великомученик Димитрий Солунский, поражающий копьем лежащего на земле хана. На другой – Архангел Михаил, разящий копьем чудовище, выбежавшее из разрушенной мечети. По преданию, взметенное вверх над первыми рядами атакующих казаков знамя повергло в ужас хана Кучума, уверенного в легкой победе над казаками. К сожалению, оригинал знамени был утерян в годы Гражданской войны.
В соборе молились цесаревич Николай Александрович (император Николай II), Лавр Корнилов, Александр Колчак. Здесь крестили известного омского поэта Леонида Мартынова и будущего генерал-лейтенанта Дмитрия Карбышева.
Свято-Никольский казачий собор – одно из немногих религиозных сооружений, которое пережило советский период. После революции здание сильно пострадало: разобрали колокольню, колокола отправили на переплавку. Здесь в разные годы размещались клуб «Строитель», управление культуры, музыкальная школа, управление кинофикацией, кинотеатр «Победа», а с 1966 года здание находилось в запустении. После реставрационных работ в 1983 году здесь зазвучал орган. В бывшем храме, обладающем великолепной акустикой, разместился зал органной и камерной музыки Омской филармонии.
В 1998 году орган переместили в другое здание и собор вернули верующим.